南京农业大学工会是学校党委领导的教职工自愿结合的群众组织，是学校联系教职工的桥梁和纽带，是教职工利益的代表和维护者。现有会员近3200人，部门工会27个。
南京农业大学工会自1954年成立以来，在学校党委和上级工会的领导下，在学校行政的支持下，先后召开了十一届会员代表大会。本届工会委员会由2020年7月中旬召开的南京农业大学第十一届工会会员代表大会第一次会议选举产生。
南京农业大学工会始终以宪法为根本的活动准则，依照工会章程独立自主地开展工作。作为学校教职工代表大会（以下简称教代会）的工作机构，工会同时负责教代会的日常工作，肩负着检查、督促教代会决议执行的重任。
进入新时代，南京农业大学工会坚持以中国特色社会主义思想和习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，紧紧围绕学校中心工作，认真履行“维护职工合法权益、竭诚服务职工群众”的基本职责，积极引导教职工为建设农业特色世界一流大学建功立业。
经过多年努力，南京农业大学工会先后被授予江苏省“模范职工之家”“五一劳动奖状”“厂（校）务公开民主管理示范单位”以及江苏省教科系统“示范性健康驿站”等多项荣誉称号。
